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分析美国沙门菌型大数据

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沙门菌是20世纪最重要、导致食物中毒的病原体之一。公共卫生在过去数十年开始关注食物中毒之前,沙门菌存在至少已有100年。

1880年之前,人类多认为食物中毒由腐败食物产生化学物质导致,而在1900年后,人类不断纠正这些错误观点,认为胃肠道的腹泻可能与食物等原材料有关,证据来自1880年后食物中毒病例多有食用猪肉、牛肉加工食品和牛奶及相关制品等的经历。

随着沙门菌(属)的证实和大量血清型被甄别、命名,使全球的微生物学家、流行病学家和公共卫生管理者们找到令人激动的探索人类疾病的合作理由。

进入21世纪,伴随各领域科学家对沙门菌的种型和结构研究不断深入,人们对沙门菌的认识也逐渐完善,但依然有许多不解之谜留给相关专业学者,而对于公共卫生领域来说,意义在于根据各国、各地区有代表性研究来发现并阐述沙门菌及其众多血清型给人群健康和社会经济发展带来程度不一的影响,避免陷入疾病负担的高风险中。中国近代首位睁眼看世界者—魏源(1794–1857年)提出“师夷长技以制夷”对民国时期大批优秀的青年俊杰留学欧美学习先进的工业化知识和技术的拓展行动产生影响深远。

1947年,中国首个沙门菌“取经人”—公派赴法的江苏盐城籍学子陈廷祚执意从巴斯德研究所前往仰慕已久的丹麦考夫曼国际沙门菌中心,师从弗里茨·考夫曼教授学习沙门菌诊断血清制备等免疫学鉴定分型技术。他学成归国后在成都生物制品研究所(成都所)自主研制成新中国首套沙门菌血清分型诊断试剂盒,填补了国内空白。

2009年,陈老继任者、时任成都所沙门菌与志贺菌专业实验室主任的朱超教授与上海市疾病预防控制中心的许学斌主任合编出版《沙门菌属血清型诊断》,满足了国内公共卫生、临床检验、兽医养殖、农产品检验检疫、等相关专业实验室的需求。   

上海自2005年作为中国首批加入全球沙门菌监测网络(WHO/GSS)的成员,通过能力建设和跨部门合作完成沙门菌(血清型)在区域性生态疾病和食物链的基线调查,在国内外重要期刊发表相关研究论文,同时为与国际先进检测技术和标准接轨,积极参与国际室间比对。

The External Quality Assurance System of the WHO Global Foodborne Infections NetworkWHO-EQAS)欧洲室间比对,始于2000年,为WHO全球食源性感染网络授权丹麦国家血清研究所与丹麦科技大学组织的每年一次的质控活动,满足第三方网络实验室的监测质量评价需求。自2013年始,作者领衔区域性网络实验室参与并积极帮助国内其他省市县(广西、新疆、山西)公共卫生、临床、出入境(海关)、质监等近50个专业实验室参加年度EQAS考核,参加项目从最初的沙门菌,不断扩展到志贺菌、弯曲菌、小肠结肠耶尔森菌、肠产志贺样大肠埃希菌等多种食源性致病菌。在完善自我评价的同时,有效促进了国内同行与国际规则的适应与融合。基于能效结合的高质量人群沙门菌监测与质控训练整合,逐渐完成趋向参比实验室的基于沙门菌精准分型的标准化程序和多源化血清型数据库建立。